Als door een toevallige gebeurtenis (zoals een windvlaag) een deel van een populaties ergens anders een nieuwe populatie sticht, spreken we over het founder effect. Door het founder effect is er kans op verlies van genetische variatie. De nieuwe populatie is kleiner en bevat niet alle mogelijke genotypen van de oorspronkelijke populatie.
Er is alleen sprake van het Founder effect als de nieuwe populatie toevallig gevormd is; er mag geen sprake zijn van natuurlijke selectie.